一、筑基
筑基為內丹修煉的準備階段，也可看成是第一階段。要求填虧補虛，煉好身體的精、氣、神三寶，煉養得充盈，達到精足、氣滿、神旺的“三全”世界。就好比建筑高樓首先要打好地基，一般要經過一百天的時間，故稱“百日筑基”，其實不一定每人都須“百日”，有人可能長一些，有人可能短一些。
筑基的關鍵在于“煉己”，就是要把自己思想上的雜念塵垢，拂拭得干干凈凈，不染。明代伍沖虛《內煉金丹心法·煉己》：“己即我靜中之真性，動中之真意，亦為元神之別名也。”
煉己的方法是斷除聲色，省卻應酬，使耳目歸于清凈，雜念消于未萌。煉己的過程，即是筑基的過程。只有收視返聽，清心寡欲，才能培煉元精、元氣、元神，達到三全境界。
二、煉精化氣
煉精化氣，又稱小周天、百日關，即將精與氣合煉而成為氣，達到“三歸二”。是內丹修煉的第二階段。其法初步是貫通任、督二脈，打通“小周天”。即用意念的力量使精化氣，復使氣自會陰、尾閭溯夾脊上達泥丸，再下降丹田，如此反復運轉，稱為“河車通”。
煉精化氣又稱“初關”。具體功法即“小周天”。因煉精化氣小周天以意領氣的循行和后天八卦有關，而后天八卦又以坎離代表人體心腎、水火，在十二地支為子午，在方位為南北，所以“小周天”又有“坎離交媾”、“取坎填離”、“水火既濟”、“心腎相交”等名稱。小周天亦稱“子午周天”。
小周天功就是要通過子午周流，打通任督之法，取坎填離而為乾坤，恢復先天八卦元氣。小周天功法又分以下層次。
⊥1110⊥調身
修煉周天功一般采用坐姿，又分雙盤坐、單盤坐、自然坐幾種。
調整坐姿后，挺直腰背，放松全身骨肉，微閉眼睛，合上雙唇，舌抵上腭，調勻呼吸，處于自然狀態。
亦可采用仰臥身姿，枕頭不宜太高，以2寸為宜。其它要求同坐姿。
⊥1110⊥調藥
“藥”指精、氣、神，調藥即調精、調氣、調神。精氣調，則精滿自然化氣，氣滿自然生精，精滿氣足則神自然旺。
調藥的關鍵在于“凝神入氣穴”，凝神即澄神息心，使意念若有若亡，氣穴即下丹田。意念、神氣澄息后凝聚于下丹田。
凝神入氣穴，且感到活子時來到，說明藥物已在下丹田產生，后天之精轉為先天之精。
⊥11產藥
周天功所產藥物，一般分為外藥、內藥、大藥三種。
經為煉精化氣階段先后產生的藥物，大藥為化神階段由內外兩藥相合凝成的藥物。
活子時到來，說明外藥已經產生。與“活子時”相對的有死子時、正子時。死子時指夜半23——1時一陽初生之時。正子時產生在小周天功法純熟進入大周天功法之時，機體所產生的“六根震動”景象。活子時，為小周天功法中隨時隨地恍兮惚兮的夢冥之中，感到光透眼簾，周身和暢、氣穴暖融、陽物勃舉之時。
外藥活子時，為小周天運轉之初由內而生的先天真陰祖氣。要注意，活子時要在先天精氣充盈之時自然來到，不可刻意追求，不可揠苗助長。在“活子時”時還要及時采藥入爐，不可有絲毫邪念沾染，不能煩擾元神祖氣，以防走火入魔。
⊥1110⊥采藥
外藥一旦產生，就需要及時采藥入爐，急速用武火使外藥歸于氣穴，即用加強意識的方法，使種子（外藥）及時歸于爐中，不使走失。
采藥之訣，即“火逼金行”。火指神，即意念，金指腎中的精氣。簡言之，即加強意念作用，使產生的內氣暖流感覺向下向后行。加強意念的方法，又稱聚火之法，用“撮、抵、閉、吸”四字訣，使內氣走上督脈。其訣為：“撮提谷道，舌抵上腭，目閉上視，鼻吸莫呼。”
同時，還要掌握意念運行的火候，不可太過亦不可不及，要使所采之藥老嫩適中，以利于進一步煉制成丹。
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小周天功法，多以下丹田為爐，泥丸宮為鼎，合稱爐鼎。經過采藥之法，把“外藥”采進下丹田的爐中之后，需要及時封固，不使外馳。
封固不僅在于封固被采入爐中的外藥，而且要及時溫養，溫養需要文火，將神、氣俱伏于氣穴。然后再次“火逼金行”，運藥烹煉，待其有行動之機，則周天武火，自此起伏。
文火，指在意念作用下，呼吸微緩，不使其間斷，“若守若存，勿亡勿助”。所謂武火，指呼吸緊重，勻細深長，“綿綿不斷，息息歸根”。文火用于溫養，用于沐浴；武火用于采取，用于烹煉。
外藥入爐封固溫養，再次火逼金行。此次火逼金行以呼吸為主，對藥物進行起運烹煉；而上次火逼金行，則是以意識之火為主，把“藥”及時采進爐里。兩者有所不同。
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即把采入爐內、經過溫養后逼進任、督兩脈的外藥（先天祖氣），用進火退符的周天之法煉成丹母，共運煉三百息、三百候。
任脈為循行于頸喉胸腹主中線的經脈，總任一身陰經，故稱“陰脈之海”。督脈為循行頭項脊背正中線的經脈，總督一身陽經，故稱“陽脈之海”。
用武火將經過溫養的藥物出爐升鼎，從下丹田的爐后兩個小孔，經尾閭送進督脈，然后進陽火、退陰符，進行周天運煉，即為小周天功法。
小周天運煉，使任督周流，督升任降，如環無端，具體路線為：藥物經下丹田后兩個小孔下降，過會陰，經尾閭而接入督脈，又從督脈貫脊上行，入泥丸宮，然后從泥丸出頭面正中降至鼻唇，又經鼻唇下交任脈，由下唇凹陷處的承漿穴下頸，沿胸腹正中線下行，回到下丹田。如此由督入任，督升任降，周流一周，就是一個小周天，亦名“河車搬運”。
小周天藥物烹煉過程，要經過“三關”、“上下鵲橋”、“三丹田”。
三關：尾閭關、轆轤關、玉枕關。尾閭關在脊柱骨的最下端，其地有長強穴；轆轤關又稱夾脊關，其關在背脊正中，當俯臥睡時，兩肘尖連線的正中；玉枕關在腦后正中發際枕骨下端，在兩側風池穴之間。此三關為藥物運煉過程中三處險而難通之處，由尾閭到泥丸的督脈，運藥時稱為河車之路（張紫陽《奇經八脈考》）。三關為河車上升之路，由尾閭到夾脊。細步慎行，如羊駕車之輕柔；由夾脊至玉枕，巨步急奔，如鹿駕車之迅捷；由玉枕至泥丸，大力猛沖，如牛駕車之奮進。三車與三關所指位置略有不同。
上下鵲橋：上鵲橋有兩個，一在兩眉之間的印堂，一在鼻竅處；下鵲橋也有兩處，一在尾閭，一在谷道處。兩者都是一實一虛，行小周天功法，當“藥物”流經上鵲橋時，要舌抵上腭，如此則任、督架通，周流不息。而其“藥物”容易走失之處，則為下鵲橋的谷道處。其走失的信號為肛門矢氣（放屁），當“藥物”運經下鵲橋時，不要忘了撮提谷道，以防走漏。
三丹田：位置都處在任脈通道上。腦為髓海上丹田，心為絳宮中丹田，臍下三寸為下丹田。下丹田，為藏氣之府；上丹田，為藏神之府。
⊥1110⊥火候
在內丹功中指用元神與精氣相合于任督二脈運轉烹煉，亦指用元神、精氣運轉烹煉的時機與程度。
在內丹修煉中每一步都有火候。《修真后辯》分為：內火候、外火候、煉藥火候、合丹火候、修性火候、文烹火候、武煉火候等。
劉一明《悟真直指》說，金丹全靠火候修持而成，火為修持之功力，候為修持之次序，采藥須知遲早，煉藥須知時節。
火候進退是周天烹煉的關鍵。“進”指進陽火，當藥物進入督脈后，用加強意念和吸氣方法，使之逆而上行。“退”指退陰符，當藥物通過泥丸宮行將交入任脈時，用放松意念和呼氣方法，使之順而下行。
進陽火，除去卯時沐浴，主要在于子、丑、寅、辰、亥五陽時進行，其法于五陽時中意守丹田，行吸氣著重而長、呼氣自然而短，把呼吸的重點放在吸氣之上的火候法，呼吸次數按“干用九而四策之”，以子、丑、寅、辰、已各升36吸，每36吸為一時，五陽時共得180吸，此刻氣機正合升至干頂泥丸，即完成小周天進陽火程序，可轉為退陰符。
退陰符，除去酉時沐浴，主要在于午、未、申、亥五時進行，其法于五陰時中意守丹田，行呼氣著意而長、吸氣自然而短、把呼吸重點落在呼氣之上的火候法。其呼吸次數是按“坤用六而四策之”的原則進行，以午、未、申、戌、亥各降24呼，每24呼為一時，五陰時共得120呼，此刻氣機正合由泥丸回降至下丹田，則“小周天”退陰符事告畢，完成了一小周天的氣機升降。
⊥1110⊥沐浴
指在煉藥進火退符過程中的“息火”和“停符”，是調節火候的一種方法。“卯時沐浴”，“酉時沐浴”。即進陽火至卯宮時，不進火；退陰符至酉宮時，不退符。不進火、不退符即呼吸無心，略事休息，以便溫養。
具體方法為：活子時來到，先天祖氣從丹田由尾閭循督脈逆行上升，行吸氣著意而長、呼氣無心而短的進陽火候時，當進陽火的功法由于歷丑，經寅達卯，至卯時則神往夾脊，把吸武呼文的火候調和為毫不經意的自然呼吸，待自然呼吸三十六次后，“卯時沐浴”之功告畢，此時又須把毫不經意的自然呼吸改為吸武呼文的進陽火候，直至最后完全進陽火的辰、亥火候，使氣抵泥丸宮（午時）而交入退陰符候，退陰符候時，氣從泥丸循任脈下降，行呼氣著意而長入，吸氣隨意而短，當退陰符候的功法由午歷未，經申達酉，至酉時則神往黃庭，把呼武吸文的火候調和為毫不經意的自然呼吸，待自然呼吸二十四次后，“酉時沐浴”之功告畢，又把毫不經意的自然呼吸改為呼武吸文的退陰符候，直至最后完成退陰符的戌、亥火候，使氣歸抵于下丹田。
9、停火：又稱止火，指煉運火候百（如加上卯酉沐浴則為三百六十候）屆滿，陽光三現（兩眉印堂三次出現閃光）之時，要及時停止火候，停止河車運轉。火候已足，下丹田結成珠黍樣的丹田黃芽，如不撤去火候，就會藥老丹傷。
止火以后，即轉入“煉氣化神”的大周天階段。
小周天功法九個層次，可簡單歸結為“采”、“封”、“煉”、“止”四個過程。完成煉精化氣小周天功一般需一百天，故稱“百日關”。
三、煉氣化神
煉氣化神又稱大周天、中關、十月關。是內丹修煉的第三階段。
小周天在于將精與氣合煉成為氣，達到“三到二”；大周天在于將氣與神合煉，使氣歸神，達到“二歸一”。
大周天又稱“乾坤交媾”、“卯酉周天”。經后天八卦取坎填離之后，由離南（午）坎北（子）轉變為干南（午）坤北（子），而原來后天八卦的坎離兩卦，已分別轉到了東卯西酉的方位，由丹術重視坎、離兩卦，故以此位置稱大周天為“卯酉周天”，稱小周天為“子午周天”。與小周天用后天八卦相對，大周天采用先天八卦圖式。
小周天是有為階段，在煉化兩過程中必須真意為媒，使二五妙合，鉛汞成丹。大周天則是由有為過渡到無為階段，化氣為神，使二化為一，使元神純陽可以出景。此大周天階段，又喻為養胎，入十月關后大周天工夫，實際即是入定功夫。氣由微動到不動而盡化，真意運用由雙目觀照到無覺，此時由定生慧，入六通靈境，果能慧而不用，轉識成智，則胎圓可證，陽神可成。
大周天具體作法：自然坐姿，或盤膝坐式，坐定之后，調節意識活動，從左前人體內運于臍輪，神與氣合，真氣流盈于丹田，由小而大，由大而小，不斷精煉。
然后精氣流在意念導引之下，上至璇璣穴，向左臂而下，至曲池，經內關逆掌以及指尖，出手臂至手臂外關，上肘逾肩井，上大椎而下，出尾閭。
由下復上，過玉枕，達昆侖泥丸至面部，過鵲橋，降重樓，經胃口過臍，至玉柱，復到氣海，行于右腿，歷膝關，穿足背至趾間轉涌泉踵后，上運過陰谷，通過尾閭，復至頂門。
如前下鵲橋，依次到左腿，如循右腿經脈一樣，下落涌泉，貫尾倉而下攝元海，如上真氣循經貫注一周。
大周天煉氣化神即把在小周天中煉成的丹母送進十二經脈、奇經八脈，將它煉成精、氣、神三寶合一，能量無比的“大藥”。
內丹煉化精氣，應掌握一陽之氣生發的天然時機，于“正子時”起身煉精，采藥歸爐，此為產大藥之時，亦即大藥完成的生理信號。
內丹煉化精氣，應掌握一陽之氣生發的天然時機，于“正子時”起身煉精，采藥歸爐，此為產大藥之時，亦即大藥完成的生理信號。《仙佛合宗》說：“須知大藥生時，六根先自震動”。這時丹田火熾，兩腎湯煎，眼吐金光，耳后風生，腦后鷲鳴，身涌鼻搐一類，為得藥之景，所得即為大藥，這一時刻即叫“正子時”。
“正子時”是與小周天功法中“活子時”相對的內丹術語。“正子時”中的“爐鼎”與小周天“爐鼎”不同。小周天以下丹田為“爐”（大爐），上丹田為“鼎”（大鼎）；大周天以下丹田為“爐”（小爐），中丹田為“鼎”（小鼎）。
當大周天正子時采藥入爐升鼎后，所用火候，更以“綿密寂照”為上乘功法。其法，就意念言，最要心中寂寂觀照，常定常覺，聽憑中丹田和下丹田鼎、爐里的“大藥”上浮下沉，氤氳靈活；就呼吸言，亦須一任自然往來，密密細細，沉而調勻，來不得半點兒的粗急。如此日久功深，待至神氣成“圣胎”，就可過渡到“上關煉神還虛”的最后階段了。
內丹功法精氣運行的過程稱為“河車搬運”。河車分為小河車、大河車、紫河車。小河車為元氣從腎傳肝，從肝傳心，從心傳脾，從脾傳肺，從肺傳腎的五行循環，周而復始，“龍虎交戰”而變“黃芽”的過程。
大河車為元氣從尾閭開始，歷經督脈的下、中、上“三關”，任脈的下、中、下“三田”，“抽鉛填汞”而成“大藥”的過程，亦即“小周天”收功、“大周天”起始階段的功夫。紫河車為“紫金丹成”時的最高級階段循環功法。此時“純陰下降，真水自來；純陽上升，真火自起。一升一降，相見于十二樓前，顆顆還丹，而出金光萬道，為紫河車也。”（《西山會真記》）
四、煉神還虛
煉神還虛為上關，又稱九年關。是內丹修煉的第四階段。
煉神還虛為道教全真修煉法最高境界。
煉神還虛的“虛”指超越語言思慮，與道合為一，與宇宙同體，入于虛空，故在丹經中常以“○”代虛。
這一階段，應將意守的重點由中丹田轉到上丹田泥丸宮。以天地宇宙為“鼎”，以上丹田為“爐”。其時爐中自守，主要為由“大藥”而化成圣胎的“嬰兒”。“嬰兒”需要哺乳、撫養、訓練，故而對于此時一連串的功法，純由意想而成，以達“出神”而趨于物我同化、常定常寂、一切歸元的目的。
